| Fr. 14.05.2010 - 20:30 Uhr | FC Ingolstadt 04 vs. FC Hansa Rostock | 1:0 |
| Zuschauer: 7538 | 1:0 Wohlfarth (73.) |
| Mo. 17.05.2010 - 20:30 Uhr | FC Hansa Rostock vs. FC Ingolstadt 04 | 0:2 |
| Zuschauer: 15000 | 0:1 Gerber (8.), 0:2 Gerber (78.) |
| Platz | Verein | Spiele | g | u | v | Tore | Punkte |
| 1. | VfL Osnabrück (Ab) | 38 | 20 | 9 | 9 | 55:37 | 69 |
| 2. | FC Erzgebirge Aue | 38 | 20 | 8 | 10 | 57:41 | 68 |
| 3. | FC Ingolstadt 04 (Ab) | 38 | 18 | 10 | 10 | 72:46 | 64 |
| 4. | Eintracht Braunschweig | 38 | 17 | 11 | 10 | 55:37 | 62 |
| 5. | FC Carl Zeiss Jena | 38 | 16 | 12 | 10 | 54:44 | 60 |
| 6. | 1.FC Heidenheim (N) | 38 | 17 | 8 | 13 | 66:56 | 59 |
| 7. | Kickers Offenbach | 38 | 15 | 12 | 11 | 55:35 | 57 |
| 8. | FC Bayern München II | 38 | 15 | 9 | 14 | 55:65 | 54 |
| 9. | FC Rot-Weiß Erfurt | 38 | 14 | 11 | 13 | 41:41 | 53 |
| 10. | VfB Stuttgart II | 38 | 16 | 4 | 18 | 53:50 | 52 |
| 11. | SpVgg Unterhaching | 38 | 13 | 11 | 14 | 52:52 | 50 |
| 12. | SG Dynamo Dresden | 38 | 14 | 8 | 16 | 39:46 | 50 |
| 13. | SV Werder Bremen II | 38 | 13 | 8 | 17 | 49:54 | 47 |
| 14. | SV Sandhausen | 38 | 11 | 14 | 13 | 54:63 | 47 |
| 15. | SV Wehen Wiesbaden (Ab) | 38 | 13 | 8 | 17 | 52:64 | 47 |
| 16. | SSV Jahn Regensburg | 38 | 11 | 13 | 14 | 43:48 | 46 |
| 17. | Wacker Burghausen | 38 | 13 | 7 | 18 | 45:64 | 46 |
| 18. | BV Borussia Dortmund II (N) | 38 | 11 | 6 | 21 | 43:58 | 39 |
| 19. | Holstein Kiel (N) | 38 | 9 | 11 | 18 | 43:61 | 38 |
| 20. | Wuppertaler SV Borussia | 38 | 10 | 8 | 20 | 40:61 | 38 |
| Platz | Verein | Spiele | Zuschauer | Schnitt |
| 1. | SG Dynamo Dresden | 19 | 273547 | 14397 |
| 2. | Eintracht Braunschweig | 19 | 242448 | 12760 |
| 3. | VfL Osnabrück (Ab) | 19 | 197350 | 10387 |
| 4. | FC Erzgebirge Aue | 19 | 169300 | 8911 |
| 5. | FC Carl Zeiss Jena | 19 | 141524 | 7449 |
| 6. | Kickers Offenbach | 19 | 135038 | 7107 |
| 7. | FC Rot-Weiß Erfurt | 19 | 105137 | 5534 |
| 8. | 1.FC Heidenheim (N) | 19 | 98792 | 5200 |
| 9. | Holstein Kiel (N) | 19 | 73124 | 3849 |
| 10. | SV Wehen Wiesbaden (Ab) | 19 | 70120 | 3691 |
| 11. | SSV Jahn Regensburg | 19 | 69946 | 3681 |
| 12. | FC Ingolstadt 04 (Ab) | 19 | 66864 | 3519 |
| 13. | Wuppertaler SV Borussia | 19 | 60835 | 3202 |
| 14. | Wacker Burghausen | 19 | 59900 | 3153 |
| 15. | SpVgg Unterhaching | 19 | 51250 | 2697 |
| 16. | SV Sandhausen | 19 | 43670 | 2298 |
| 17. | BV Borussia Dortmund II (N) | 19 | 34191 | 1780 |
| 18. | FC Bayern München II | 19 | 24525 | 1291 |
| 19. | SV Werder Bremen II | 19 | 18382 | 968 |
| 20. | VfB Stuttgart II | 19 | 14470 | 762 |
| gesamt: | 380 | 1944192 | 5116 | |
| Treffer | Torschütze |
| 22 | Dorn (SV Sandhausen) |
| 21 | Hartmann (FC Ingolstadt 04) |
| 17 | Smeekes (FC Carl Zeiss Jena) |
| 15 | Kruppke (Eintracht Braunschweig) |
| 15 | Spann (1.FC Heidenheim) |
| 14 | Holt (Holstein Kiel) |
| Treffer | Vorlagen | Torschütze |
| 14 | 0 | Michael Holt |
| 6 | 2 | Tim Wulff |
| 5 | 7 | Fiete Sykora |
| 2 | 7 | Francky Sembolo |
| 2 | 2 | Christopher Lamprecht |
| 2 | 2 | Florian Meyer |
| 2 | 1 | Dmitrijus Guscinas |
| 2 | 0 | Massimo Cannizzaro |
| 2 | 0 | Marc Heider |
| 1 | 7 | Tim Jerat |
| 1 | 1 | Robert Müller |
| 1 | 1 | Benjamin Schüßler |
| 1 | 0 | Tim Siedschlag |
| 0 | 3 | Christian Jürgensen |
| 0 | 1 | Marco Stier |
| Name | Einsätze | Minuten | EW | AW | NoSpo-Note | Kicker-Note | G | G/R | R |
| Müller | 36 | 3206 | - | 2 | 3,49 | 3,28 | 6 | - | - |
| Lamprecht | 32 | 2653 | 1 | 6 | 3,73 | 3,42 | 13 | 1 | 1 |
| Frech | 29 | 2610 | - | - | 2,90 | 2,97 | 4 | 1 | - |
| Holt | 33 | 2476 | 5 | 8 | 3,76 | 3,40 | 6 | - | 1 |
| Jerat | 29 | 2405 | 3 | 2 | 3,52 | 3,34 | 6 | - | - |
| Schyrba | 26 | 2267 | 1 | - | 3,42 | 3,32 | 5 | - | 1 |
| Schulz | 28 | 2096 | 5 | 4 | 3,72 | 3,36 | 7 | - | - |
| Meyer | 29 | 1945 | 3 | 15 | 3,76 | 3,60 | 4 | - | - |
| Sembolo | 27 | 1875 | 6 | 11 | 4,19 | 3,75 | 3 | - | - |
| Sykora | 23 | 1734 | 2 | 6 | 3,65 | 3,80 | 5 | - | - |
| Jürgensen | 20 | 1710 | - | 2 | 3,50 | 3,26 | 3 | 1 | - |
| Siedschlag | 26 | 1544 | 11 | 7 | 3,83 | 3,83 | 1 | - | - |
| Vujcic | 23 | 1480 | 5 | 9 | 4,19 | 3,83 | 3 | - | - |
| Boy | 14 | 1228 | - | 1 | 3,64 | 3,36 | - | - | 1 |
| Wulff | 21 | 1179 | 10 | 5 | 3,79 | 3,77 | 2 | - | - |
| Heider | 21 | 1014 | 10 | 8 | 4,21 | 4,04 | 2 | - | - |
| Nouri | 16 | 999 | 5 | 5 | 3,96 | 3,67 | 5 | - | - |
| Cannizzaro | 12 | 762 | 3 | 6 | 4,40 | 4,10 | - | - | - |
| Stier | 11 | 723 | 3 | 3 | 4,10 | 3,90 | 3 | - | - |
| Henzler | 8 | 720 | - | - | 2,94 | 2,63 | - | - | - |
| Rohwer | 8 | 653 | - | 3 | 3,75 | 3,44 | 1 | - | - |
| Guscinas | 17 | 462 | 17 | - | 4,60 | 4,00 | - | - | - |
| Hummel | 6 | 357 | 2 | 2 | 4,25 | 3,63 | 1 | - | - |
| Bruns | 4 | 279 | - | 3 | 3,88 | 3,75 | - | - | - |
| Nagel | 7 | 256 | 5 | 2 | 3,70 | 3,70 | - | - | - |
| Schüßler | 4 | 246 | - | 2 | 3,83 | 4,00 | - | - | - |
| Brückner | 8 | 224 | 6 | 1 | 3,75 | 3,50 | 1 | - | - |
| Gutzeit | 5 | 180 | 3 | 1 | 3,75 | 3,50 | - | - | - |
| Hoffmann | 5 | 99 | 5 | - | 4,00 | 5,00 | 1 | - | - |
| Belyaev | 1 | 90 | - | - | 4,00 | 3,50 | 1 | - | - |
| Camps | 1 | 33 | 1 | - | 4,00 | 3,00 | - | - | - |
| Bruhn | 1 | 23 | 1 | - | 0,00 | 0,00 | - | - | - |
| Beyer | 0 | 0 | - | - | 0,00 | 0,00 | - | - | - |
| Ziehmer | 0 | 0 | - | - | 0,00 | 0,00 | - | - | - |
| Hasse | 0 | 0 | - | - | 0,00 | 0,00 | - | - | - |
| Dittmann | 0 | 0 | - | - | 0,00 | 0,00 | - | - | - |
| Kurtaj | 0 | 0 | - | - | 0,00 | 0,00 | - | - | - |
| Balcer | 0 | 0 | - | - | 0,00 | 0,00 | - | - | - |
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Modus:
Die beiden bestplatzierten Mannschaften steigen zum Ende der Saison direkt auf in die 2. Bundesliga. Der Dritte der 3. Liga und der Drittletzte der 2. Bundesliga bestreiten am Saisonende in Hin- und Rückspiel eine Relegation. Heimrecht hat dabei zunächst der Drittligist.
Beim Relegationsspiel gilt die aus dem Europapokal bekannte Auswärtstorregel, wonach auswärts erzielte Tore bei Gleichstand im Gesamtergebnis mehr zählen, als zu Hause erzielte Treffer. Falls nach Ende der regulären Spielzeit noch keine Entscheidung gefallen ist, gibt es zweimal 15 Minuten Verlängerung. Steht danach immer noch kein Sieger fest, findet ein Elfmeterschießen statt.
Aus der 3. Liga steigen drei Mannschaften in die Regionalligen ab. Jeweils die Meister der Regionalligen bzw. der erste Aufstiegsberechtigte steigen auf. Aufstiegsberechtigt sind auch zweite Mannschaften der Lizenzvereine ohne eine zahlenmäßige Begrenzung.